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Une importante mise à jour de la doctrine administrative est disponible depuis le 13 juillet 2021. Elle apporte des évolutions et des précisions quant à la définition des activités de R&D éligibles. S’agissant des dépenses valorisables au Crédit Impôt Recherche (CIR), l’Administration fiscale intègre les dispositions légales et jurisprudentielles attendues. Ces mises à jour ont également un impact sur les agréments qu’il convient de préciser. Si les modifications sont significatives la portée de cette actualisation est toutefois à nuancer.

La doctrine administrative précise l’éligibilité des activités de R&D en phase avec le guide CIR

  • La doctrine administrative ne se réfère plus à l’édition 2002 du Manuel de Frascati qui définit la recherche avec ses trois critères. Désormais, elle se réfère à l’édition 2015 qui impose le respect de cinq critères. La doctrine s’est ainsi calquée sur la pratique du Ministère de l’Enseignement Supérieur de la Recherche et de l’Innovation (MESRI). Ce dernier vérifiait lors des expertises le respect de ces cinq critères (nouveauté, créativité, incertitude, être systémique, transférable et/ou reproductible).
  • A propos de la recherche fondamentale : la « recherche fondamentale pure » et la « recherche fondamentale orientée » sont éligibles au CIR. Cette mention provient simplement de la distinction faite dans le manuel de Frascati.
  • L’administration fiscale apporte des compléments à sa définition du développement expérimental pour mieux expliquer cette notion. Elle apporte davantage d’exemples sur ce qui ne peut être qualifié de développement expérimental. Par exemple, « les premières unités produites dans le cadre d’un essai en vue d’une production en grande série ne doivent pas être considérées comme des prototypes de R&D ».
    La revue de cette définition est plus pédagogique et mieux en cohérence avec la spécificité de certains travaux de recherche. Exemple avec ceux de formulation. La définition de l’état de l’art a été totalement réécrite. Les attentes de l’administration fiscale ont été musclée en cohérence avec celle du MESRI. Ainsi, il est désormais prévu de matérialiser une recherche bibliographique à l’appui de supports scientifiques qui sont énoncés. Il est également prévu de mener une « analyse détaillée des approches théoriques ou pratiques existantes ».
  • L’autre effort de clarification était attendu depuis la décision FNAMS du 22 juillet dernier. Dans la démarche d’identification des activités R&D, la distinction des activités simplement connexes et celles intégrant une activité de R&D repose désormais sur le terme « indispensable ». Il ne repose plus sur celui de « nécessaire » choisit par les juges : « sont considérées comme indispensables à la réalisation d’une opération de R&D les activités scientifiques et techniques qui participent à la création de connaissances et qui sont réalisées par des personnels de recherche ». Enfin, la démarche d’identification des opérations de R&D est calquée sur le guide CIR. En effet, le même schéma illustratif est utilisé.
  • Le BOFIP apporte également des éclairages sur des travaux à la frontière du développement expérimentale selon certains types d’activité. Dans le cas des essais cliniques la doctrine administrative reste globalement sur la même position. Si « Les phases 1 à 3 des essais cliniques identifiés par un numéro EudraCT et ayant obtenus une autorisation de l’ANSM sont de fait éligible au CIR », l’administration conclut que le contribuable ne pourra valoriser que les dépenses engagées « pour augmenter les connaissances scientifiques ».
    Elle écrit clairement et sans le moindre doute que les activités de la phase 4 « sont donc étudiées au cas par cas ». Enfin, il convient de noter l’apparition d’une nouvelle notion déjà observée dans les rapports des experts du MESRI, « étape essentielle aux investigations scientifiques », qui conditionne la valorisation d’une dépense relative à un essai clinique.

Les deux principaux postes de dépenses font l’objet de mises à jour attendues

  • Concernant les dépenses de personnel, l’administration fiscale valide sans équivoque une pratique du terrain. Il s’agit de la valorisation des intérimaires : « dès lors qu’ils sont des personnels de recherche directement et exclusivement affectés aux opérations de R&D ». La notion de personnel de soutien est clarifiée au regard de la définition des activités de soutien. L’administration n’exclue plus la Cotisation Exceptionnelle Temporaire (CET) de la rémunération éligible et tire ainsi les conséquences de l’arrêt Publicis.
    L’obligation déclarative complémentaire sur la part des jeunes docteurs est désormais incluse dans le BOFIP. Les dépenses de recherche sont comprises entre 10 et 100 millions d’euros. Conformément à la précédente loi de finances, le taux de 50% est abaissé à 43% pour la détermination des dépenses de fonctionnement éligibles.
  • S’agissant des dépenses externalisées, des modifications sont apportées pour prendre en compte la portée de l’arrêt FNAMS. Sans surprise l’arrêt FNAMS est transposé. « Le caractère indispensable à la réalisation d’un projet de R&D des opérations accessoires externalisées est apprécié de la même manière que lorsqu’elles sont réalisées en interne. » Cependant, la doctrine propose un terme plus fort que celui employé par les juges. En effet, le caractère indispensable est utilisé en lieu et place du caractère nécessaire.

    La doctrine administrative apporte également des éclairages pour mieux comprendre qui peut déclarer le CIR. La lecture du schéma d’illustration indique que la frontière du bénéficiaire porte sur l’obligation contractuelle qui pèse sur le sous-traitant. Il s’agit d’une obligation de moyen ou obligation de résultat. En revanche, la doctrine ne semble pas apporter les éclairages attendus au regard de la décision SOPRA STERIA.

    Elle insiste sur la contractualisation dans le cadre d’une collaboration de recherche. Il convient de bien préciser « les contributions à ses coûts, le partage des risques et des résultats, la diffusion des résultats, les règles d’attribution de droits de propriété intellectuelle (DPI) et l’accès à ceux-ci ». La doctrine administrative conditionne également l’éligibilité des dépenses inhérente à une thèse CIFRE à une contractualisation qui permette « d’identifier le programme de recherche qui est l’objet du contrat et la contribution de chacun (annexe scientifique) ainsi que l’apport respectif des parties (annexe financière) ».

    L’administration fiscale prend désormais en compte la sous-traitance en cascade mais uniquement pour le rang deux. La doctrine propose au prestataire de rang 1 de mentionner sur la facture « l’identité et l’adresse de l’organisme sous-traitant ». Ceci, dans le but que le donneur d’ordre puisse valoriser la dépense externalisée en toute sécurité. Lorsqu’un organisme public, sous-traitant de rang 1, sous-traite à son tour des travaux de recherche, seule la quote-part qu’il réalise fera l’objet du doublement. Cela vaut pour les dépenses engagées entre le 01/01/2020 et le 31/12/202.

    A compter du 1er janvier 2022, les dépenses engagées auprès d’organismes de recherches publics seront valorisées dans les mêmes conditions que celles engagées auprès d’organismes de recherche ou d’experts privés. Elles ne seront donc plus doublées. Elles seront retenues dans la limite de trois fois le montant des autres dépenses de R&D. Par ailleurs, elles n’octroieront plus de majoration de 2 millions d’euros au plafond des dépenses de recherche externalisées. Il ne sera donc plus possible de valoriser uniquement de la sous-traitance publique. Les donneurs d’ordre devront veiller à ce que les organismes de recherche publics disposent d’un agrément.
  • Des précisions ont été apportées sur la fourniture de l’agrément. L’organisme de recherche « doit justifier de sa capacité à mener par ses propres moyens des opérations de recherche scientifique et technique dont il a défini lui-même la démarche scientifique. Cette condition vise à assurer aux entreprises qui ont recours à l’externalisation de leurs travaux de recherche la pertinence et la qualité des résultats obtenus ».

    L’Administration indique également qu’à compter du 1er janvier 2022, tous les organismes de recherche, privés et publics, devront disposer d’un agrément pour permettre à leurs donneurs d’ordre de valoriser les dépenses qu’ils leur confient. Pour les prestations : en cas de perte/retrait d’agrément, la prise en compte de la date de contractualisation est présentée. Même si les factures sont émises postérieurement au retrait de l’agrément.

L’acquisition d’une société ne fait plus perdre le statut de PME en cas de dépassement des seuils prévus

L’appréciation des seuils sur une période de 2 exercices consécutifs pour le statut de PME s’applique dans les cas d’entrée ou de sortie d’un groupe. Prise en compte de la jurisprudence de la Cours Administrative d’Appel de Nancy, décision du 03 décembre 2020, n° 19NC02371-1902372-1902373.